Mappa Sfida 2
Al menu principale, tieni premuto L1 e premi X(2), Cerchio, X per sbloccare la Mappa Sfida 2. Se inserisci il codice correttamente, sentirai un suono.

Testa grande di Don
Al menu Principale, premi L1 e premi Cerchio, Triangolo, X, Quadrato per sbloccare la Testa grande di Don. Se inserisci il codice correttamente, sentirai un suono.

Costruire Relazioni
Una volta che puoi usare tutte le tartarughe, devi iniziare a costruire una relazione con i tuoi fratelli. Puoi farlo usando il lancio del fratello, ma aumenterà  le relazioni solo a coppie. Dovrete quindi ruotare i lanci tra fratelli in modo che salgano le reciproche relazioni. Attenti però: un lancio sbagliato farà  irritare il fratello lanciato. Perderete la relazione e dovrete di nuovo guadagnarvi la fiducia. Raffaello è quello più irritabile.
Per prendere una A nel lavoro con i vostri fratelli, usate la mossa speciale delle Tartarughe mentre combattete. Continuate a cambiare tartaruga e fate lo stesso fino a sconfiggere tutti i nemici.

Completa la Spirale della Morte in Ninja Tag Time
C'è un raggio laser che viene sparato ogni 90 secondi nella camera. Dovete raggiungere una camera che vi protegga dal raggio. Ogni volta che raggiungi queste camere che ti protegge, ci sarà  un checkpoint. Primo, se non stai usando Raffaello, usatelo. E' un salto lungo verso la prima piattaforma, e anche se puoi usare il salto elicottero di Michelangelo, è troppo lento. Per guadagnare tempo, fai un salto di squadra verso la piattaforma. Vedrete due grossi tubi con un buco stretto tra loro. Salta come un uccello tra i tubi verso la cima della piattaforma successiva, e continua così verso la prima porta. Come il tempo diventerà  poco, le piattaforme scompariranno. Dovrete essere quindi veloci. Non appena finiscono le piattaforme, il laser verrà  sparato, e sarà  morte istantanea. Le porte hanno un inferriata su di loro che si chiudono mentre tutto ciò accade. Devi arrivare in cima alle piattaforme prima che le sbarre si chiudano. Una volta che le sbarre si aprono, salta sulla piattaforma successiva e dovrai effettuare un Salto ad Uccello come nel punto precedente tra i due tubi rossi. Ora ti troverai su una piattaforma che ha un potere di scalata per Raffaello, di arrampicarsi. Sali in cima e salta sulla prossima piattaforma, che ha una protezione per te per arrivare al prossimo checkpoint. Ora hai delle sporgenze che devi limare con le piattaforme per saltare. Invece di saltare sulla prossima piattaforma, corri verso il muro e atterra vicino o sulla prima sporgenza dove saltare. Sali su quella sporgenza verso quella superiore. Vai verso la fine di quella sporgenza e salta sulle aste penzolanti vicino, poi scorri attraverso tutte e tre le aste per raggiungere un altra piattaforma. Salta sulle sporgenze sopra, poi scagliati contro il muro per raggiungere l'ultima piattaforma.

Sconfiggere Shredder
Nello scontro in cui dovrete sconfiggere Shredder, invece di concentrarvi sui numerosi suoi cloni, cercate di battervi col lo Shredder vero. E' l'unico che non si muove mentre i cloni si battono con voi. Un attacco che funziona bene è l'attacco di squadra di Don che stordisce qualsiasi nemico all'interno del suo raggio. Arrivate vicino a Shredder e usatelo. Stordirà  i cloni e lui, e ora non sarà  in grado di attaccare. Cambia su Raffaello (in quando è il più forte in attacco) e attacca Shredder alcune volte finchè non si riprende. Una volta che si riprende, ricominciate con il trucco finche non lo sconfiggete. Dopo questo livello, apparirà  il Clan Orma. Usa la stessa tattica quando il Comandante Foot chiama altri Ninja per battersi con voi. Usa la stessa tattica con lui. Se non lo fai, sarete sopraffati con moltissimi Foot Ninja.

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